พระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวงกรม (ฉบับที่ ๑๔) พ.ศ. ๒๕๕๘ มีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ ๖ มีนาคม ๒๕๕๘ ให้มีการปรับปรุงโครงสร้างส่วนราชการกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ แบ่งเป็นสำนักงานปลัดกระทรวง กรมกิจการเด็กและเยาวชน กรมกิจการผู้สูงอายุ กรมกิจการสตรีและสถาบันครอบครัว กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ และกรมส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการ พร้อมทั้งตัดโอนหน่วยงานที่ตั้งอยู่ในภูมิภาคไปยังกรมต่าง ๆ ตามกลุ่มเป้าหมาย และตามกระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ ลงวันที่ ๒๓ เมษายน ๒๕๕๘ กำหนดให้ศูนย์พัฒนาชาวเขาและนิคมสร้างตนเอง ของกรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการเป็นศูนย์คุ้มครองคนไร้ที่พึ่งตามพระราชบัญญัติการคุ้มครองคนไร้ที่พึ่ง พ.ศ. ๒๕๕๗    ศูนย์คุ้มครองคนไร้ที่พึ่งจังหวัดอุทัยธานี จัดตั้งขึ้นตามประกาศกรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ  ประกาศ ณ วันที่ ๑๕ กรกฎาคม พ.ศ.๒๕๕๙ เรื่อง ให้ศูนย์คุ้มครองคนไร้ที่พึ่งเป็นหน่วยงานภายใน ภายใต้กำกับดูแลของ กองคุ้มครองสวัสดิภาพและเสริมสร้างคุณภาพชีวิต กรมพัฒนาสังคมและสวัสดิการ